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一、確立屬補助或委辦案件
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在簽案計畫中，補助或委辦案件常未能釐清，導致經費編列及審核標準無所適從。
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二、須送「教育經費分配審議委員會」審議項目
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補助案件是否已送「教育經費分配審議委員會」審議，或係依審議委員會已通過之原則、要點辦理，應於簽案中予以敘明，而委辦案件則毋需送審議委員會。
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三、敘明計畫經費來源，且需與預算所定用途或範圍相符
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簽案中常未敘明擬支應之經費來源，包括預算科目（業務或工作計畫）及分支計畫名稱，且計畫內容或用途範圍與所擬動支預算之科目及分支計畫內涵常未盡相符，即預算編列與實際執行顯有出入。
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四、敘明計畫辦理期程
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簽案中常未敘明計畫擬辦理之期程，且追溯執行之情形屢見不鮮，造成經費審核與後續執行之疑義，應儘量予以避免。
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五、補助案件之經費補助原則
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補助案件除因特殊需要且經簽准同意始得補助人事費（即原則上不補助人事費）外，至內部場地使用費、行政管理費則是一定不得補助。
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六、補助經費之核定
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本部補助案常見受補助單位因獲得之補助經費較原申請之補助額度少，以致經本部核定經費後，再報請本部同意其縮小計畫規模及維持原核定補助經費，造成補助比率提高，甚有由30﹪調整至80﹪之情形，與原核定計畫內容有相當之落差。故各單位於審查補助案時，應審慎評估提案計畫辦理之規模，覈實核列補助經費，若擬補助經費與其申請額度差異過大時，應先請其修正調整計畫規模；又於經費核定後，亦應督促受補助單位確實依核定計畫執行，以符本部原訂相關補助原則或要點之初衷。
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七、委辦案件應注意辦理事項
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一、中央政府各機關單位預算執行要點第十七點規定，委辦事項除特殊情形陳由機關首長核准外，應於年度開始6個月內完成簽約手續，本部未嚴格執行，至年底始提出簽案者亦屢有所見。
二、委辦計畫係為勞務採購案件，原則應依政府採購法公開招標，惟本部多採「限制性招標」或以「行政協助」方式辦理，例外多於原則，有違政府採購法精神。
三、委辦案件經依政府採購法完成採購程序後，計畫需求單位常未能重提經費明細表，以作為契約執行之一部分，或雖已重提經費明細表，惟其表內項目、數量與原簽（原公告）計畫內容有異，衍生日後執行、驗收等爭議。
四、委辦案件支付款項時，常未依契約規範辦理，如條文明訂需俟期中（期末）報告審查通過或驗收合格後始得撥付款項，應檢附審查通過之記錄或依行政程序簽准後付款，以符契約規定。另是否涉及逾期而產生罰款問題，亦應一併敘明。
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八、委辦案件採行政協助辦理應注意事項
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一、依95年6月16日主任秘書邀集本部相關單位協商之決議，各單位應嚴格審核控管委辦案件，除辦理考試、評鑑等涉及公權力執行者外，應依政府採購法辦理。又須採行政協助方式辦理者，並應於簽案內具體敘明是否合於以下要件，包括：1.明確陳明屬於公權力行使範圍（職務範圍），為發揮共同一體之行政機能，以本部名義請求機關協助；2.敘明被請求之協助機關符合非本部直接隸屬之行政機關（公立學校具有行政機關之地位）；3.符合行政程序法第19條第2項所規範之6款得請求行政協助情形之要件之一；4.敘明若不以行政協助辦理，確有窒礙難行之理由。
二、行政協助之結餘款，如受委託單位為實施校務基金學校及國立社教機構作業基金者，或為地方教育發展基金已成立附屬單位預算者，以不繳回為原則，但未執行項目之經費仍應全數繳回；非屬前述單位者，其結餘款應全數繳回。
三、採行政協助辦理者，應訂定協議書予以規範。
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九、辦理委辦計畫與委託研究計畫所依據之作業要點不同
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委辦計畫依教育部補助及委辦經費核撥結報作業要點辦理，委託研究計畫則依教育部委託研究計畫作業要點、委託研究計畫經費編列標準及委託研究經費處理注意事項辦理；兩者辦理方式、經費編列標準、撥款方式及管考作業均不同。
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十、委託研究計畫經費明細之審核
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委託研究計畫雖經審議（含預估經費）通過，惟簽請辦理時仍應提出經費明細，送會計處審核後辦理。
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十一、委託研究計畫與委辦案件之人數及人事費限制
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一、委託研究計畫之研究人數以不超過四人，且所須經費占總經費之比例以不超過百分之五十為原則，本部各單位常有超出情形，甚至全數為專任助理經費；另業務費中臨時工讀人力常編列高達二、三十萬元。審計部以往於抽查本部委託研究勞務採購案之審核通知內，已將違反上述原則之研究計畫列入嗣後應行注意事項，宜予檢討改進。
二、委託研究計畫專任研究助理之薪津應依本部規定，比照「國科會補助專題研究計畫助理人員工作酬金支給標準表」之支給規定辦理。另其當年12月1日仍在職者，得按當年工作月數依比例編列年終獎金，而非全數以1.5個月計算。
三、本部委辦案件有關人數及人事費限制與委託研究計畫相同，辦理時請一併注意上述之規範。
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十二、補助與委辦計畫經費編列及支用標準
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一、補助與委辦計畫經費應按原定工作計畫或指定用途支用，經費支用項目與基準應依中央政府各機關用途別科目分類及執行標準表、本部補助及委辦計畫經費編列基準表規定列支，不得另立名目。
二、應列入雜支或行政管理費之項目，例如郵資、電話費、文具等，不得再另立名目編列經費需求。
三、受補助、委辦單位所提計畫之經費預算表，應注意其項目、用途別之歸類，如出席費、審查費應為業務費，不應歸類在人事費項下。
四、計畫經費所編列之輔導費、指導費、諮詢費等，因「中央政府各機關用途別科目分類及執行標準表」並未有此項規定，可比照出席費之標準列支，但不宜過高。
五、依行政院主計處92年3月31日處忠六字第092002135號函釋：「出席費係因會議之出席所支給之酬勞，審查費（屬稿費之一）係因提供書面審查意見所支給之酬勞，二者性質不同，是以就會議之出席，不得重複支給出席費與審查費，惟如於出席會議之前先行提供書面審查意見，得依規定支給審查費，而為免浮濫，仍應按案件性質從嚴認定，如所作審查係作為出席會議時發表意見之參考，屬會前準備工作，其與書面審查仍有所不同，不得支給審查費。」故邀請專家學者擔任審查委員出席會議進行計畫之審查作業，不得同時支給審查費及出席費。
六、審查費之支付原則應依「各機關學校出席費及稿費支給要點」所列標準，採按字或按件計酬方式核實支付。另撰稿、編稿費等，亦應依上開規定之編列標準，詳列計算式以利會計處審核。
七、印刷費及旅運費之編列常有偏高現象，不夠核實且不符合節約原則。
八、計畫內邀請國外學者專家來台參與會議，應參照「各機關聘請國外顧問、專家及學者來台工作期間支付費用最高標準表」所訂報酬（含生活費）之核給範圍內編列，除機票款外，不宜再另外列支膳宿費。
九、依教育部補助及委辦經費核撥結報作業要點第六點規定，接受本部補助之機關學校團體人員，不得支給出席費、稿費、審查費及工作費，惟多數簽案之經費概算表內編有上述各項費用時，常未敘明是否屬上開不得支領人員之範疇，致會計處無法審酌可否予以補助。
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十三、委辦計畫不補助設備費
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本部計畫常有以限制性招標或行政協助方式委託學校辦理，然又另外補助學校設備費，有欠合理且不公平，應予避免。
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十四、經費收支結算表之填寫及結餘款之繳回
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一、受補助、委辦單位提報之經費收支結算表，常未依教育部補助及委辦經費核撥結報作業要點規定表報格式填寫相關資料，應請通知其補正後再送會計處辦理結案。
二、經費結報時依上開要點規定，受補助、委辦單位需檢附「計畫項目經費核定表」，俾據以勾稽複核，惟各單位於辦理時經常未檢附，徒增會計處核對之困擾。
三、為避免補助經費於結報時對結餘款是否繳回及繳回比率等產生爭議或疑慮，業務單位應在核定補助案時，於核定公文中敘明「教育部核定計畫經費」及「教育部核定（全額、部分或酌予）補助經費」，並提醒受補助單位確實注意依上開要點規定計算及繳回計畫結餘款。
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十五、補助地方政府經費
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一、補助地方政府經費應依中央對直轄市及縣（市）政府補助辦法、教育部對直轄市及縣市政府計畫型補助款處理原則辦理，並注意屬計畫型補助款酌予補助事項不得超過規定之最高可補助比率。
二、補助地方政府經費應於簽案及核定補助案公文中，敘明係請地方政府列入地方預算辦理，或以代收代付方式處理（須於預算案編定時，將擬代收代付之項目及金額送會計處彙整後以部函報行政院同意備查者，始得採代收代付方式），以減少縣市政府辦理困擾。
三、受補助縣市政府請款時，其經費如屬需納入預算辦理者，應請其出具納入預算證明。
四、以往年度本部補助地方政府經費中，常發生部分計畫執行進度嚴重落後、繳回賸餘款金額過多或比率過高，其中甚有高達80﹪之情形。故業務單位於核列計畫時應確實檢討、嚴加審核，並加強督導縣市政府落實執行。
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十六、辦理會議、訓練、研討會及研習會等經費
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一、為回應審計部所提各機關辦理各類會議、講習訓練與研討(習)會等應撙節公帑，避免赴風景名勝地區、高檔級渡假飯店辦理，以及發給非必要之紀念品或宣導品等過度舖張浪費情事之查核意見，並確實依照行政院所訂之相關規範，本部業訂有「教育部及所屬機關學校辦理各類會議講習訓練與研討（習）會相關管理措施及改進方案」，請各單位確實本儉樸節約精神規劃辦理及依規定標準編列相關經費。
二、依上述本部所訂之改進方案，有關各單位辦理各類會議、講習訓練與研討(習)會等，編列之膳宿費應以上述改進方案規定之額度為依據，其中膳費內應含三餐、茶點等，不應額外編列茶水飲料等費用。
三、「公務人員因公傷殘死亡慰問金發給辦法」施行後，各機關學校不得再重複編列保險費為其公教人員投保額外保險，僅得為非上開與會人員辦理保險。有關參加研討會、研習會等人員之保險，業務單位應敘明參加人員身份，俾憑審酌編列是項費用之必要性；若有特殊情況，必須投保額外險者，應敘明理由並簽奉核准後辦理。另每人保額參照行政院規定「奉派至九二一震災災區實際從事救災及災後重建工作之公教人員投保意外險」，最高以300萬元為限。
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十七、以補助或委辦經費派員出國
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本部各單位以工程管理費、補助費或委辦費等為財源支應派員出國所需費用，請各單位依相關規定從嚴核定，倘出國對象屬行政院及所屬各級機關（不含學校）、非營業特種基金（不含校務基金）者，應填具「教育部補助出國案件月報表」送秘書室，依行政院及所屬各級機關因公派員出國案件編審要點規定統一辦理報院備查事宜。
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十八、經費之授權
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一、經費動支應依行政程序及教育部經費授權原則辦理。
二、為落實本部六減運動之減章措施並簡化行政流程，以下經費之核定免會簽會計處，惟經事後審核有逾標準之給付，應負責追繳：
（一）1萬元（含）以下經費。
（二）依據各機關學校出席費及稿費支給要點規定標準支給之出席費（含遠程交通費）、稿費，其個案總金額在10萬元以下者。
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十九、所得稅之扣繳
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出席費、稿費、審查費、鐘點費、執行業務者之報酬及各項津貼等應列入個人課稅所得，且需至預算執行管制系統登錄稅籍資料，並依規定代扣稅額。另請注意在國內無住所，而於一課稅年度內在國內居留合計未滿183天者，採就源扣繳方式辦理。
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二十、其他
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消費合作社開立之2千元以下收據，於加具支出證明單後，可核銷公務支出。
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二十一、業務移交、經驗傳承及加強溝通
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一、各單位人員異動頻繁，經驗傳承未能落實，應請落實業務移交。
二、各單位同仁與會計處承辦業務同仁應加強溝通及相互討論，減少簽案因錯誤往返，以流暢會計作業程序，加速公文辦理時效。
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