一、 目的：為推動高等教育深耕計畫（以下簡稱本計畫，包括第一部分：全面性提升大專校院品質及促進高教多元發展（以下簡稱第一部分）及第二部分：協助大學追求國際一流地位及發展研究中心（以下簡稱第二部分）兩大主軸），以改善教學品質並提升學習成效，協助學校學術研究發展、強化國際人才及創新產業人才培育，鼓勵各大專校院（以下簡稱學校）在此基礎上發展多元能量，特訂定本原則。
二、 計畫經費編列及分配原則：
(一) 學校應提出以全校性整體教學、研究及重點領域提升改善計畫及經費額度，並訂定校內經費使用原則、相關收支辦法及程序。
(二) 本計畫經費採統塊式經費（Block Funding）方式，支用項目之比率由學校依其特色及需求規劃；獲第一部分（主冊、整體發展計畫）經費補助之學校應將獲補助經費百分之五十以上之比率投注於落實教學創新策略與學生學習或教師教學直接相關之項目。
(三) 資本門以占百分之二十至三十、經常門占百分之七十至八十為原則之比率編列，並得視計畫審議結果彈性調整。
(四) 第一部分「提升高教公共性：完善就學協助機制」：公立學校所提「提升經濟或文化不利學生入學機會」經費以經常門為原則，資本門以百分之二十為限；各校所提「強化各校整體輔導機制」及「引導學校建立外部募款基金」，僅得編列經常門。另有關提升高教公共性（完善就學協助機制經費），僅得編列用於強化招收經濟或文化不利學生所需之招生事務經費（非指學校既有之一般性招生事務）及透過課程學習或就業輔導等方式提供學生之直接經費。
(五) 第二部分特色領域研究中心：教育部得另行撥付核定經費至多百分之二十作為學校整體發展運用。
(六) 停止全部招生學校或經私立高級中等以上學校退場審議會審議認定為專案輔導學校之大專校院，僅得申請第一部分「提升高教公共性：完善就學協助機制」及「透過原住民學生資源中心輔導原住民學生成效」之補助經費。
三、 計畫經費編列基準及支用原則：
(一) 本計畫以五年為期進行規劃，經費採分年核定補助，作為調整經費額度之依據。
(二) 本計畫補助之經費，係為提升學校整體教學及研究水準，並用於在校學生及教師為主，其使用範圍如下；執行本計畫時，如遇非屬下列使用範圍之費用，應由學校自籌經費或自行編列配合款支用：
1. 學生學習、輔導、國際交流及提升學生學習成效等相關費用。
2. 購置教學、研究所需之圖書儀器。
3. 與教學直接相關校舍建築之修繕，以第一部分主冊計畫及第二部分全校型計畫補助經費之百分之十為限。
4. 辦理國際學術交流。
5. 於學校編制外，聘任國內外知名學者、專家、技術人員或博士後研究人員擔任特聘職教授人員及編制外計畫管理人才之薪資。
6. 提供編制內教師（包括研究人員及專業技術人員）除本俸、學術加給及主管職務加給以外之經費。
7. 聘任編制外專案工作人員之薪資。
8. 教師因執行計畫之需要，協助教材或教案研發，學校應訂定支給規定或標準，始得編列相關費用。
9. 學校因執行計畫之需求，提供學生獎學金，學校應訂定支給規定或標準，且獎勵措施應有一定評比之過程，始得編列相關費用。
(三) 本計畫經費不得支用於下列項目：
1. 經常性維運性質之修繕經費、新建校舍工程建築、建築貸款利息補助及附屬機構。
2. 一般行政事務性設施（如書櫃、辦公桌椅、冰箱、沙發、茶几、咖啡機等）。但用以提升學生學習品質之教室、空間修繕，不在此限。
3. 附屬機構、分部、分校及園區之土地取得及建築設施所需費用。
4. 原已獲行政院或本部核定建築工程，並承諾由學校校務基金支應者。
5. 建築物耐震補強工程、新增工程之自償性建築設施、體育設施及餐廳。
6. 本計畫之主持費用、學校管理費（包括水電費、電話費、燃料費及一般行政事務設備之維護費用）及內部場地費，但內部場地有對外收費，且供辦理計畫使用者，不在此限。
7. 教育部補助各機關人員之出席費、稿費、審查費、工作費、引言人費、諮詢費及加班費。但出席費、稿費、審查費屬研究性質者，由學校訂定相關規範及支用原則後，得依教育部補（捐）助及委辦經費核撥結報作業要點之計畫彈性經費支用規定辦理。
8. 學校與招生相關經費（包括提供國內及境外學生入學時之各項公費或獎助學金、招生宣導、試務工作費用等）。
9. 學校以本計畫經費支給特殊優秀教師及研究人員，其於教學、研究、服務各面向之績效，經學校校內審核機制及組成審查委員會評估績效卓著者，得獲彈性薪資，但不得以本計畫經費支給單篇研究論文之彈性薪資（包括獎勵金）。
(四) 人事費用（包括彈性薪資）編列原則：
1. 學校依計畫需求核實編列，除經教育部同意、因政策調薪或依法令規定調增相關費用致不敷使用者外，不得流入。但情況特殊者，所需經費占核定補助額度（包括第一部分及第二部分）之比率以不超過百分之五十為原則。
2. 為延攬及留任國內外優秀人才，彈性薪資在人事費之額度內，依下列原則核實列支：
(1) 獲得本計畫（第一部分）補助經費之學校，得以核定補助額度（不包括附冊大專校院社會責任實踐計畫（以下簡稱USR計畫）及附錄支用於經濟或文化不利學生協助經費）百分之五編列彈性薪資。
(2) 同時獲本計畫（第一部分及第二部分）經費補助之學校，得以核定補助額度（包括第一部分及第二部分，不包括USR計畫及附錄支用於經濟或文化不利學生協助經費）百分之二十編列彈性薪資。
(3) 經費支用依各校彈性薪資支給規定辦理，應包括薪資差距比例、核給期程、各類人才核給比率、績效考核等，並應增訂獲彈性薪資副教授以下職級人數占獲獎勵人數之最低比率。
(4) 學校聘任國內外知名學者、專家、技術人員、博士後研究人員擔任編制外教學、研究人員及計畫管理人才之薪資與編制內教師（包括研究人員及專業技術人員），除本俸、學術加給及主管職務加給以外之給與，得依彈性薪資方式，由學校視相關人員學術或專業地位、發展潛力、現有薪資等決定核給額度，不受校內現有薪資額度限制；所聘編制外人員為國外優異人才時，其最高薪資得比照其國外年薪待遇支領。學校並應依教育部彈性薪資方案訂定校內相關規定並完成校內程序後實施，並報教育部備查。
3. 為協助各大學改善生師比，學校得於人事費至多百分之二十之額度內新聘專任教師（包括專案教師）；其支用原則如下：
(1) 該項額度僅得支用於計畫期間內第一年新聘專任教師（包括專案教師）；學校採學年度方式之聘任教師，第一年新聘教師追溯至中華民國一百零六年八月起聘之教師。但本計畫經費支用於該新聘教師薪資，應自一百零七年一月起計算，一百零六年八月至十二月之薪資需由學校經費自行支應。
(2) 新聘專任教師（包括專案教師）第二年起至計畫結束前之薪資，得由人事費額度內支應。
(3) 本期計畫結束（中華民國一百十六年十二月）後，新聘專任教師（包括專案教師）之人事費，將回歸各校由學校經費支應；各校應考量少子女化趨勢及生師比結構，建立完善之專任（案）教師聘任之長期規劃及永續機制。
4. 學校應自定編制外專案計畫工作人員之薪資，人事費用應包括勞、健保費、勞退基金（離職儲金費用）。
5. 學生擔任各計畫兼任助理之相關權益保障，應依專科以上學校獎助生權益保障指導原則、專科以上學校兼任助理勞動權益保障指導原則辦理，其獎助金、薪資、勞健保及勞退基金（離職儲金費用）等經費需求，得由補助經費支應。
(五) 學校依本計畫邀請國外人士短期來臺時，其支給基準得依下列規定之一辦理：
1. 依行政院各機關聘請國外顧問、專家及學者來臺工作期間支付費用最高標準表、科技部補助延攬客座科技人才作業要點等核支；其報酬已包括酬金及生活費者，不得另外支付演講費、諮詢費、審查費、顧問費及生活費等費用。
2. 依邀請人士（包括學者、專家、技術人員、博士後研究人員等）之學術地位及專業自行另定基準，經完成校內程序後實施；其項目如下：
(1)國內外交通費。
(2)住宿費。
(3)酬金（包括演講費、審查費、諮詢費及顧問費等，依其工作執行項目核支，以不重覆支付為原則）。
(4)保險費。
(六) 國內外出差旅費使用原則：
1. 依國內出差旅費報支要點支給國內差旅費用。
2. 學生出國計畫應由學校自行從嚴審核，並於經費表中編列國外差旅經費，且出國人員應依國外出差旅費報支要點核實報支。出國人員得包括執行本計畫相關之教師、行政人員及學生。
3. 學校所列國外出差旅費預算如有不足，須由年度相關經費項下調整支應時，得在本計畫原編列國外旅費總額百分之十範圍內，由學校核定。
(七) 學校執行特色領域研究中心計畫得依科學技術研究發展採購作業要點及科學技術研究發展採購監督管理辦法之規定辦理；除我國締結之條約或協定另有規定者外，不適用政府採購法之規定。
四、 計畫經費收支處理及查核：
(一) 本計畫經費依教育部補（捐）助及委辦經費核撥結報作業要點規定，採分年分期撥付方式；必要時，本部得調整撥付期程、延期或停止撥付。
(二) 學校應以專帳登錄本計畫經費之收支，並不得移作他用；屬跨校性計畫者，則由計畫申請學校（或請撥學校）負責經費收支管理及核結等事宜。
(三) 學校應依會計法、審計法、政府採購法及會計制度、物品管理手冊等相關規定辦理各項財務、財物處理、物品採購及管控機制。有關所得稅及其他稅賦之扣繳，應由計畫執行學校負責辦理。
(四) 年度補助經費尚未撥入學校前，屬本部原核定之延續性計畫，得由學校自籌款先行支應計畫所需支出。
(五) 國立學校應循作業基金預算程序納編已核定之計畫經費；因作業不及致無法納編時，有關購建固定資產部分，應在當年度基金預算總額內調整容納，經檢討確實無法調整容納時，始得依中央政府附屬單位預算執行要點規定補辦預算。經常門部分，併決算辦理。
(六) 實施校務基金之國立學校辦理本計畫之入帳方式，其中經常門補助部分以其他補助收入列帳，經常支出併決算辦理；資本門補助部分則以基金列帳。
(七) 經費請撥及核結：
1. 依教育部補（捐）助及委辦經費核撥結報作業要點辦理。
2. 學校應將每年度原始憑證應專冊裝訂留校備查，並於計畫結束後二個月內或教育部指定期間內將成果報告及經費收支報告表送部辦理核結。
3. 有關跨校執行之計畫，其經費報支、支出憑證及經費收支報告表應由各執行學校分別審核（填報）後送總計畫執行學校。但各分項計畫經費係由總計畫執行學校（或請撥學校）統一撥付及核結者，支出憑證及經費收支報告表得由總計畫執行學校（或請撥學校）統一審核（填報）後將收支報告表報本部。
4. 學校執行本計畫預算，除「提升高教公共性：完善就學協助機制」外，於每年度終了，已執行而未能執行完竣者、或已發生尚未清償之債務或契約責任之經費得辦理經費滾存納入下年度本計畫經費支應（公立學校年度剩餘款不得納入校務基金），經費滾存用途別應一致，不得流用。計畫經費結餘款，均應依補助比率繳回。
(八) 計畫所屬財物之歸屬及保管：
1. 學校固定資產之增置，應由學校財產管理人員驗收蓋章，列入財產目錄。
2. 使用教育部補助經費購買之財產應納入財產管理系統，財產之使用報廢應依相關規定辦理，並將相關資料登錄備查。
(九) 經費查核及管考：
1. 學校經複審通過並核定經費後，應依相關審查意見及核定經費額度修正計畫書據以執行，並將修正後之計畫書函報教育部，作為未來管考之依據。
2. 學校應於每年依實際執行情形詳填本計畫經費執行情形表，用印後送教育部，俾列管執行進度。
3. 本計畫執行過程中，教育部得隨時派員查核進度及帳目，發現有虛報計畫執行進度，致補助經費溢撥時，得要求學校繳回溢撥經費；經教育部刪減或剔除之項目，學校未改進或辦理時，教育部得要求學校更換計畫主持人、停（減）撥經費或終止補助。
4. 各項經費有不符規定或不實之支出時，學校所列支之費用不予核結且追繳外，並應負相關責任；教育部得酌予刪減、停撥次年度之經費補助或終止補助。
5. 未依規定提報資料或提報資料錯誤者，教育部得酌予刪減、停撥次年度之經費補助或終止補助。
6. 教育部將依計畫所訂考核期程及機制進行考核；年度考核結果，將作為調整次年度經費核配之參考依據。
7. 教育部得視學校計畫執行情形、辦學品質及相關專案查核結果，酌予調整、刪減或停撥補助經費。
8. 學校執行本計畫年度經費之執行率應達百分之八十以上，並作為考評項目之一。經費使用率未達規定且未敘明合理原因者，教育部得酌予刪減次年度之經費補助。
五、 本計畫經費之請撥、支用及核結作業，應依本原則執行；如有未盡事宜，得依各子計畫經費支用注意事項及相關規定或教育部補（捐）助及委辦經費核撥結報作業要點、科技部補助專題研究計畫作業要點、補助專題研究計畫經費處理原則及其他相關規定辦理。